La diferenciación de una célula animal consiste en la reprogramación genética de una célula madre, y supone la activación y represión de miles de genes en un proceso secuencial, hasta dar una célula terminalmente diferenciada. Los factores de transcripción controlan la expresión de los genes uniéndose a secuencias específicas en su promotor, pero la activación correcta del gen requiere la combinación de varios factores de transcripción que cooperan para remodelar la cromatina y permitir el acceso y activación de la RNA polimerasa. Esta revisión se centrará en la diferenciación de las células embrionarias pluripotentes y de las células madre hematopoyéticas. Gracias al establecimiento de líneas de células madre embrionarias murinas y humanas se han identificado genes responsables del mantenimiento de la pluripotencia, codificando la mayoría para factores de transcripción. La combinación de varios de estos factores (Oct4, Sox2, Klf4, c-Myc, Nanog, Lin28) es capaz de convertir fibroblastos de adultos en células madre pluripotentes. Las nuevas tecnologías de análisis masivo del genoma han evidenciado que estos factores forman redes que actúan coordinadamente para mantener el estado indiferenciado y pluripotente. La diferenciación de la células madre hematopoyéticas hasta los distintos tipos celulares maduros de la sangre es también controlada por factores de transcripción, algunos actuando a nivel de la célula madre y otros en progenitores comprometidos a los distintos linajes (linfoide, mieloide). Es revelador que la mayoría de los oncogenes identificados en leucemias son versiones mutadas de genes de factores de transcripción que han demostrado ser necesarios para la correcta hematopoyesis en ratones alterados genéticamente. Esto confirma los genes del cáncer no sólo operan en el control de la proliferación sino también en el de la diferenciación celular.