La ingesta de n-3 PUFAs reduce notablemente la capacidad de respuesta del sistema inmune, ya sea inhibiendo la transcripción de proteínas involucradas en la función inmunológica (citoquinas, moléculas de adhesión, enzimas..), modificando la actividad de diversas enzimas (fosfolipasas, proteínquinasas..) o modulando la producción de eicosanoides. Esta disminución de la respuesta inmunológica se manifiesta en una reducción de la actividad de las células del sistema inmune y de la producción de los mediadores químicos sintetizados por ellas (eicosanoides, citoquinas, moléculas de adhesión...). La disminución de la actividad del sistema inmune puede ser beneficiosa en diversas patologías, pacientes que presenten desórdenes autoinmunes, alteraciones en la respuesta inflamatoria, alergias y ciertos tipos de cáncer. También es conveniente esta reducción de la capacidad de respuesta inmunológica en personas con órganos transplantados o injertos. El suplemento de la dieta de estos pacientes con aceite de pescado, una de las principales fuentes de n-3 PUFAs, puede atenuar sus complicaciones médicas.